第一集:
在發生不尋常現象的地球上,七個小孩正在進行夏令營, 突然他們被帶到檔案島,並發現此島只有數碼精靈(數碼暴龍), 而且有七隻數碼精靈跟凓他們,後來他們遇上古加獸, 七隻數碼精靈為保護他們便進化,他們為回到原來的世界, 便開始在檔案島冒險.
第二集:
七個小孩繼續冒險,發現海邊有電話亭, 便嘗試打電話去求救,但是電話是打不通的, 當阿助正在努力嘗試打通電話的時侯,一隻貝殼獸衝了過來, 將太一捉住.亞古獸為保護太一,便進化成暴龍獸, 將貝殼獸打敗, 但他們仍不知道為何會進化.
第三集:
太一常常聽見阿猛稱阿和為哥哥,便去問阿和, 發現阿猛和阿和是兄弟,但父母離了婚. 他們找到了一架無人電車,便決定在裏過夜, 太一第一個守夜,怎料激怒了海龍獸, 海龍獸將電車的島拉開了岸,阿和為救阿猛, 便引開海龍獸,但不幸被海龍獸捉凓, 加布獸為保護太一,便進化成加魯魯獸, 並將海龍獸打敗.
第四集:
太一他們離開了一個森林,便到了一個磁粉沙漠, 太一用望遠鏡發現了一個村,原來是比高獸的村落. 當他們正想喝水的時候,突然所有水都變了火, 火焰獸在山上衝下來,比丘獸想協助比高獸逃走時, 火焰獸已來到.比丘獸進化成巴多拉獸, 與火焰獸激戰一場,後來火焰獸回復正常. 火焰獸會發狂,是因為黑色齒輪的影響, 後來比高獸請太一他們吃雀粟.
第五集:
太一他們到了一間工廠,想查探有沒有人在那裏, 光子郎進入了一個充滿古怪文字的動力房, 後來將其中一劃抹去,突然全間工廠均停電, 光子郎將那一劃加上,電力就恢復了, 光子郎嘗試分析那個程式,但因甲蟲獸突然過熱而停. 另一方面,受黑色齒輪影響的安杜路獸追殺太一他們, 雖然亞古獸及加布獸都進化,但始終不及完全體的安杜路獸, 光子郎再嘗試執行那個程式,甲蟲獸進化成比多獸, 並將安杜路獸打敗.
第六集:
離開下水道後,太一他們因遇到一大浛鼻涕獸而各自逃亡, 美美遇上發狂的熊仔獸,但由鼻涕獸的幫助而逃過大難. 美美後來進入了玩具之城,但看見太一他們非常不正常, 像沒有了感情一樣,而且跟隨他們的數碼精靈也不見了. 在一間屋裏找到了亞古獸牠們,但是卻被鎖凓. 熊仔獸攻擊美美,鼻涕獸為保護美美而組合起來, 雖然靠不住,但激發了巴魯獸進化成仙人掌獸, 原來熊仔獸因受了黑色齒輪影響而將人類變成玩具的玩具, 最後熊仔獸給了他們愛心一擊來作補償.
第七集:
阿丈因認為自己是太一他們最年長的一個, 所以有責任保護他們, 他獨自登上無限山, 後來遇到受黑色齒輪的影響的獨角馬獸所追, 阿丈嘗試將黑色齒輪拔出,但不成功.哥瑪獸進化為海獅獸, 將獨角馬獸打敗.當太一他們登到山頂時, 發現檔案島是一個孤島.
第八集:
獅子獸被惡魔獸催眠,和奧加獸去襲擊太一他們, 後來被惡魔獸推下的石頭想攻擊他們, 但被加魯魯獸的妖狐火焰粉碎. 他們發現了一間大屋,由於亞古獸牠們太疲累, 被逼在太屋過夜.夜裏當亞古獸在廁所時, 被獅子獸,奧加獸襲擊,而且大屋原來是惡魔做出的幻覺, 當太一面臨危險時,獅子獸突然回復正常,將惡魔獸暫時阻擋.
第九集:
太一及亞古獸被飄流到一個冰島, 發狂的雪人獸襲擊他們, 亞古獸將雪人獸的黑色齒輪弄走. 雪人獸告訴太一大和跌了到另一個島, 而且為報答太一,為他建了一條冰路到大和那個島. 另一方面,大和為尋找阿猛,在風雪裏凓了涼, 加布獸用自己的皮為大和取暖,因而自己也得了感冒. 太一,亞古獸和雪人獸來到,雪人獸去找草藥. 太一及阿和因意見不合而吵架,滑了下山, 幸得雪人獸經過. 最後毛人獸襲擊, 太一他們使牠回復正常. 加魯魯獸用火焰一噴使那小島飄回檔案島.
第十集:
美美因大便獸的指引而遇到光子郎, 光子郎在遺蹟裏研究, 因光子郎太入神而令美美發怒, 和甲蟲獸進入了遺蹟的迷宮, 光子郎指引美美走出迷宮, 但美美遇到人馬獸,走頭無路, 光子郎將牆壁打破, 巴魯獸及甲蟲獸的進化把人馬獸恢復正常. 光子郎研究怎樣可以黑色齒輪停止運行, 後來美美將齒輪踢一腳, 除了令小島飄回檔案島之外, 還令光子郎明白實際行動比理論更重要.
第十一集:
阿丈和哥瑪獸受到奧加獸襲擊, 哥瑪獸進化成海獅獸並將其擊, 他們跌了下海,之後阿空及比丘獸將他們救起. 他們進入了一間教堂, 那裏的人突然變成了猛鬼獸, 在阿丈的幫助下,海獅獸及巴多拉獸擊敗了牠們.
第十二集:
阿猛和巴達獸到了一個充滿光鮮色彩, 趣緻圖形以及很多幼年期的數碼精靈(BB)的村落. 他們遇上幼年期數碼精靈及數碼精靈蛋的保姆-艾力獸, 與巴達獸打起來,由於幼年期數碼精靈受巴達獸的戰鬥而哭起來, 最後阿猛,巴達獸和艾力獸知道他們應團結一致, 但惡魔獸......
第十三集:
阿猛和巴達獸受到獅子獸奧加獸襲擊, 太一他們的數碼精靈均進化來令獅子獸回復正常. 獅子獸告訴他們一個帶來和平的傳說, 他們知道了若把惡魔獸打敗會有機會回到正常世界, 他們知道以他們的實力,即使進化了的數碼精靈也不能打敗惡魔獸, 最後巴達獸進化成天使獸把惡魔獸打敗.天使獸與惡魔獸同歸於盡, 後來生了一隻數碼蛋.
第十四集:
太一他們得知如果他們能找到惡魔獸收藏起的一些讀索器, 配合紋咭他們的數碼精靈可繼續進化, 他們乘木伐駛到海洋的對岸,但巨鯨獸把他們吞下, 他們將巨鯨獸的黑色齒輪拔走, 然後到了惡魔獸收藏紋章的地方, 後來遇到鑽地獸的襲擊,他們再將鑽地獸的黑色齒輪拔走, 在鑽地獸的幫助下,他們找到了讀索器.
第十五集:
太一他們到了一個被柏古獸佔領的滾球獸村落, 他們將被困的滾球獸救出, 悟空獸和黑暗網絡突然出現,並破壞該村落, 悟空獸令數碼精靈不能進化, 太一他們為逃避悟空獸,太一的讀索器發光, 發現牆壁後存在他的紋咭.
第十六集:
光子郎提出如要數碼精靈進化有兩個條件: 他們的拍擋要遇到危險, 以及數碼精靈必需有充足的能量, 但悟空獸派出一隻邪惡暴龍獸來襲擊他們, 亞古獸進化成暴龍獸,但始終不能打敗邪惡暴龍獸, 在太一的催促下,暴龍獸進化成喪屍暴龍獸, 破壞一切後沒有能量並變回滾球獸.
第十七集:
第十八集:
古加獸出現襲擊太一他們,亞古獸不願進化, 後來妖精獸將他們救回. 妖精獸帶他們到牠的練界並訓練數碼精靈, 太一被妖精獸的特別訓練而回復了自信, 亞古獸進化並將悟空獸的手下巨龍獸打敗, 最後大和及光子郎找到他們的紋咭.
第十九集:
光子郎在一個E-mail裏知道他數碼精靈世界 (數碼暴龍世界)原來是一個電腦程式, 裏面的東西只是一隻資料(包括太一他們), 令太一認為真實身體在真實世界十分安全, 他們找到了E-mail的發放者, 是一隻被悟空獸囚住的分子獸, 他們將牠救出.阿空及比丘獸被捉去, 太一想去救她但光子郎告訴太一所有傷害會認響到真實世界的他, 最後分子獸捉走阿空及比丘獸.
第二十集:
太一他們跟隨分子獸,太一及亞古獸一座金字塔, 分子獸想將阿空複製, 太一及阿空在逃走時被悟空獸攻擊, 分子獸試圖將悟空獸丟進一個黑洞, 不過連牠自己和金子塔也跌了下去, 悟空獸與黑暗網絡合體並攻擊太一他們, 幸好暴龍獸進化成完全體-機械暴龍獸, 並將悟空獸打敗.不過太一和機械暴龍獸跌了下黑洞. 太一和滾球獸醒來後發現自己在原來的世界.
第二十一集:
太一及滾球獸發自回到了真實世界,太一回家探望他的妹妹-八神小光. 小光不但不怕滾球獸,而且還知到太一曾到過數碼暴龍世界, 太一在電視看到那些天災,都是由數碼精靈做成的, 但那些數碼精靈,只有太一和小光能夠看見, 滾球獸進化成亞古獸並回到數碼暴龍世界, 雖然太一想與小光一起,但他始終跟隨亞古獸回到數碼暴龍世界.
第二十二集:
太一及亞古獸回到數碼暴龍世界,並想尋回他的朋友, 在此遇到迪哥獸,原來迪哥獸與阿猛遇到了小惡魔獸, 小惡魔獸說大和很討厭阿猛而離開,離間他們, 意圖取得代表「希望」的紋咭,但因迪哥獸與阿猛的感情太深, 小惡魔獸未能成功,惟有令他們吃失憶磨菇, 但突然亞古獸被阿空的聲音阻止,知道了小惡魔獸不是好朋友, 迪哥獸進化成巴達獸並將其趕走.
第二十三集:
大和與加布獸找到阿丈,他在蛋蛋獸的餐廳做苦工, 大和想幫助阿丈,但阿丈繼續做錯事, 在餐廳做苦工的期限日漸增加, 小惡魔獸又想用離間計,告訴大和阿丈是故意做錯事, 使大和可以陪著他.在這時太一和阿猛及時趕到, 鼻屎將阿猛綁起,幸得阿丈相助,但阿丈自己被綁起, 大和認為自己錯怪了阿丈,此時大和代表「友情」的紋咭發光, 令加布獸超進化成獸人加魯魯,將蛋蛋獸打敗,最後他們分開去尋找其他人.
第二十四集:
光子郎在找尋玄奈的同時跌了下宇宙腦魔的洞底,他遇到宇宙腦魔, 在宇宙腦魔的欺騙下, 光子郎沒有了求知慾並所有東西給了宇宙腦魔, 宇宙腦魔將讀索器及紋咭交給小惡魔獸, 甲蟲獸覺得像沒有了光子郎, 並退化回泡沬獸.最後光子郎終於醒覺,拿回讀索器,紋咭以及他的求知心), 在此時光子郎代表「知識」的紋咭發光,比多獸超進化成超比多獸, 將宇宙腦魔打敗,玄奈給了他數碼精靈分析器, 光子郎和甲蟲獸回到地面並遇回大和及阿猛.
第二十五集:
太一和阿丈在一個大森林找到美美,她被怪蛙獸當作公主, 怪蛙獸認為只有美美的歌聲能喚醒怪蛙皇,但美美並不想喚醒怪蛙皇, 美美將太一和阿丈以及巴魯獸收入監倉,在一惡夢中, 美美終於醒悟, 放了太一和阿丈以及巴魯獸, 並喚醒了怪蛙皇,但怪蛙皇竟恩將仇報, 襲擊他們, 暴龍獸超進化成機械暴龍獸,打敗怪蛙皇.
第二十六集:
太一他們找到了阿空,但發覺她非常悲傷, 原來小惡魔獸告訴她說因為她一生中都沒有愛, 她的媽媽只會要她學插花, 並不關心阿空, 所以她代表「愛情」不會有發光. 原來阿空在無意中聽到小惡魔獸與吸血魔獸的對話, 得知他們的紋咭分別代表 : 「勇氣」(太一),「友情」(大和), 「愛情」(阿空),「知識」(光子郎), 「純真」(美美)以及「誠實」(阿丈). 當小惡魔獸知道所有人都一起時,便聯合吸血魔獸襲擊他們. 在戰鬥中,阿空竟然對比丘獸說了她的媽媽對她說的說話, 想起她的媽媽其實是非常關心她,她的紋咭便發光, 巴多拉獸超進化成伽樓達獸並打敗吸血魔獸, 當太一他們以為安全的時候, 吸血魔獸的聲音說他們即是七人聯合也未必能打敗牠.
第二十七集:
玄奈告訴太一他們有第八個被選中的小孩,並說她現在在日本, 但可惜的是吸血魔獸也知道這消息,利用城堡裏的閘門會通到現實世界, 將第八個被選中的小孩消滅.太一他們及時趕到, 但被受吸血魔獸控制的迪路獸多次阻撓,暴龍獸超進化成機械暴龍獸, 將迪路獸召喚的邪龍獸打敗,但可惜始終趕不及在閘門關閉前返回現實世界.
第二十八集:
玄奈邀請太一他們去到他的家,並告訴光子郎數碼精靈除了是數據外, 還有各自代表的疫苗和病毒,並替光子郎更新了數碼精靈分析器. 玄奈給太一他們十張咭,其中九張是解開閘門的, 而另外一張是玄奈不小心混進去的(!?).他們回到城堡, 但受到一浛蜘蛛獸襲擊,比多獸超進化成超比多獸, 收捨了蜘蛛獸,但因超大角砲的關係而令城堡逐漸粉碎, 光子郎將咭片的暗號解開,但竟有兩張咭適合放在同一位置, 太一在危急關頭選擇了哥瑪獸,他們終於回到現實世界, 其實太一只是想保留亞古獸來紀念而選擇哥瑪獸......
第二十九集:
太一他們要求老師在光之丘讓他們下車, 因為他們認為吸血魔獸就在那裏, 在相談下發現他們七人均曾經住過光之丘, 阿丈亦提起四年前的炸彈事件, 原來他們七人都是炸彈事件的目擊者. 這時長毛象獸突然來襲擊, 比丘獸進化成巴多拉獸,在激戰時, 阿猛說看到兩隻怪物, 令大和想起小時阿猛經想說看到兩隻怪物. 在長毛象獸猛烈攻激下,巴多拉獸超進化成伽樓達獸, 保護了太一和阿空,令太一想起當時炸彈事件是第一隻暴龍獸的出現, 他們發現炸彈事件就是暴龍獸與另一數碼精靈戰鬥, 並發現第八個被選中的小孩也是炸彈事件的目擊者.
第三十集:
太一他們在乘車途中用盡了所有錢來吃東西, 被逼要截順風車往台場,但滾球獸竟在車上大便, 令車主大抄大罵.無意中把光子郎推下橋, 年糕獸進化成甲蟲獸並救了他,但遇到墨魚獸的襲擊, 哥瑪獸進化成海獅獸並將牠打敗,但卻惹了不少麻煩, 他們惟有乘海路回台場.
第三十一集:
太一在找尋第八個被選中的小孩的同時, 爛泥獸在攻擊東京灣的人, 光子郎知到其他朋友都睡了覺, 光子郎和甲蟲獸去追那隻爛泥獸, 光子郎的數碼佩章有異常反應並得知第八個被選中的小孩就在附近, 甲蟲獸進化成比多獸並將爛泥獸打敗.
第三十二集:
他們繼續找尋第八個被選中的小孩, 此時小光遇上迪路獸,與牠玩耍, 迪路獸認為她是第八個被選中的小孩, 但未有下毒手.
第三十三集:
大和及阿猛在火車回家途中,阿猛和巴達獸發生不和, 巴達獸離開了,大和,阿猛和加布獸要尋找到牠, 不過吸血魔獸的手下,南瓜獸及礦石獸正想追他們, 但兩個手下並沒意識要攻擊他們,而被吸血魔獸變為碎片, 巴達獸進化成天使獸,吸血魔獸立即走人, 他們繼續去尋找第八個被選中的小孩.
第三十四集:
迪路獸仍然不太肯定到底小光是否第八個被選中的小孩, 巫師獸找到到了數碼佩章,並將它交給迪路獸助牠記回從前的事, 迪路獸想接近小光但受到亞古獸攻擊,亞古獸認為迪路獸想傷害她, 吸血魔獸仍不知道這些事.
第三十五集:
吸血魔獸抓到迪路獸後, 使用魔術把太一他們住的御台場地區籠罩在濃霧裡. 御台場地區以外的都無法進入濃霧.在濃霧裡, 吸血魔獸派出所有的猛鬼獸與水蛙獸由死神獸帶領把濃霧裡的居民抓住. 阿和的爸爸趕緊叫阿和與加布獸逃到安全的地方躲起來自己則回到電視臺找資料.太一的家長被死神獸帶走, 但是太一等人力量不足只好先逃命. 太一他們找到阿和,他要阿和照顧小光,然後他自己要回去救其他人. 美美一家全被抓住.素娜也在足球練習中被抓. 唯獨在御台場地區外的阿助與阿武沒事. 不過他們試著乘坐海獅獸進入御台場地區. 被抓的素娜記得如何使猛鬼獸力量消除,於是在大家的幫忙下把猛鬼獸控制住. 不過對死神獸無效, 就當素娜要被死神獸抓住,旁邊兩隻猛鬼獸前來相助, 原來它們是比丘獸與素娜的媽媽. 比丘獸進化把素娜帶走. 美美一家也逃出來,但是這時暗黑巨龍獸出現把美美的爸爸打傷. 巴魯獸進化成仙人掌獸反擊,但是暗黑巨龍獸確把仙人掌獸取舉起來. 美美關心爸爸,純真徽章發光,仙人掌獸進化成花仙子獸.花仙子獸馴服住暗黑巨龍獸.
第三十六集:
太一去救被吸血魔獸囚禁的人, 玄奈教光子郎使用數碼結界來保護他的家人, 並要阻擋猛鬼獸的攻擊,另一方面, 阿丈和阿猛受到超海龍獸的攻擊, 海獅獸進化為祖頓獸並打敗超海龍獸. 巫師獸將第八個紋咭交給他們, 死神獸跟縱住阿空並意圖攻擊大和及小光, 小光認為自己是第八個被選中的小孩並且有責任阻止死神獸攻擊他的朋友.
第三十七集:
小光突然向吸血魔獸投降, 巫師獸叫太一等人將小光的讀索器及紋咭交給她以打敗吸血魔獸, 吸血魔獸令迪路獸透露小光就是第八個被選中的小孩, 吸血魔獸想殺掉小光及迪路獸, 恰巧太一他們及時趕到. 雖然所有數碼精靈都進化,但始終不夠吸血魔獸打, 吸血魔獸將小光及迪路獸判死刑, 突然巫師獸跳出來並替代了小光死, 太一將讀索器及紋咭交給小光,迪路獸進化成天女獸, 所有數碼精靈將能量集中於天女獸,並擊敗吸血魔獸, 雖然吸血魔獸已被擊敗,但黑暗的濃霧仍未消散......
第三十八集:
玄奈揭開一個預言的秘密,並可回到數碼精靈世界, 預言的內容是天空出現蝙蝠,並且所有人類世界的居民呼叫吸血魔獸的名字, 迪路獸再進化成天女獸,吸血魔獸再次出現, 並變成究極吸血魔獸,天使獸及天女獸將光箭射到太一及大和, 亞古獸及加布獸進化到究極體形態,戰鬥暴龍獸及鋼鐵加魯魯獸.
第三十九集:
亞古獸和加布獸終極進化成戰鬥暴龍獸及鋼鐵加魯魯獸, 可是, 牠們集合二「獸」之入仍不能打敗究極吸血魔獸, 在這時, 所有紋咭發光並打敗究極吸血魔獸. 但天空分裂開並有岩石衝下來,他們要將數碼世界的問題解決, 否則連現實世界也會受牽連,最後,他們各自與家人分開並返回數碼世界.
第四十集:
太一他們返回數碼世界,發現黑暗四大天王正破壞數碼世界, 四大天王之一的鋼鐵海龍獸襲擊他們,所有數碼精靈進化成完全體, 但始終力量不夠究極體的鋼鐵海龍獸戰鬥. 他們又遇到四大天王之二的機械邪龍獸, 同樣是力量不夠去戰鬥.四大天王之三的木偶獸控制太一他們, 並見到四大天王之四的小丑皇,妖精獸出現拯救太一他們.
第四十一集:
妖精獸想犧牲自已來救太一他們,當他們醒來時, 發現自己在鋼鐵海龍獸的海洋上,貝殼獸來襲擊, 很艱苦地將牠打敗.鋼鐵海龍獸的手下,亞路加獸, 牠們想燒太一他們及他們的數碼精靈, 幸好仙人掌獸和海獅獸超進化並救了他們, 但是他們仍疑感究竟他們的數碼精靈能否打敗邪惡數碼精靈.
第四十二集:
巨鯨獸載走了太一他們,就在這時奇蛙獸在找尋他們, 光子郎發現戰鬥暴龍獸有能力打敗龍系的數碼精靈, 就像鋼鐵海龍獸,奇蛙獸突然出現襲擊巨鯨獸, 但始終海魔獸不能跟貼到深海, 太一他們逃到一個隧道,鋼鐵海龍獸阻止他們逃走, 他們在巨鯨獸幫助下,他們安全抵達了一個海灘, 鋼鐵海龍獸攻擊,暴龍獸終極進化成戰鬥暴龍獸.
第四十三集:
鋼鐵海龍獸要破壞戰鬥暴龍獸, 巨鯨獸游到前面並替戰鬥暴龍獸擋了致命一擊, 戰鬥暴龍獸終於打敗鋼鐵海龍獸, 太一回復了打敗四天王的信心. 木偶獸用計謀來消滅太一他們,分開了大和, 阿猛和其他人, 木偶獸攻擊阿猛,奇鳥獸攻擊其它人, 阿猛破壞木偶獸的咒語公仔,數碼精靈打敗奇鳥獸, 木偶獸發誓要向大和及阿猛報仇.
第四十四集:
大和覺得自已不夠其他人強勁,祖利獸發現大和在這種情緒, 告訴他必須打敗太一來證明自己的實力. 木偶獸和垃圾筒獸襲擊太一他們, 大和及鋼鐵加魯魯獸將攻擊他們的數碼精靈冰封, 但是,鋼鐵加魯魯獸竟向亞古獸宣戰.
第四十五集:
大和及太一出現激烈的爭執,大和不明白為何會被選中, 他想獨自離開大隊.鋼鐵加魯魯獸和戰鬥暴龍獸開始戰鬥, 太一和大和也打起上來,木偶獸大笑因為牠的計劃已成功. 一隻善良的幽靈上了小光身,所有人升了上天空, 小光(那隻幽靈)叫他們看看電腦圖像,解釋為何他們會被選中, 紋咭分別代表每個人的特性,如果此特性消失, 他們的數碼精靈將變成邪惡.大和想獨自離開, 美美和阿丈留下來陪他,其他的繼續上路.
第四十六集:
奧加獸被一浛要把牠的力量吸收的朽木獸糾纏, 突然流星降下嚇退了朽木獸, 但奧加獸中了陷阱跌到樹下. 阿丈和美美把牠救出並替牠療傷, 奧加獸被他們感化並成為他們的朋友. 木偶獸發現阿丈和美美並與鋼鐵悟空獸聯手出擊, 此時太一他們在木偶獸的城堡遇到不喜歡木偶獸的管理員, 其中一個管理員使用大炮來攻擊木偶獸.另一方面, 奧加獸告訴阿丈和美美木偶獸等數碼精靈要消滅獅子獸, 鋼鐵悟空獸追縱他們的時候, 獅子獸突然出現.
第四十七集:
阿丈和美美遇上黃金劍獅獸, 牠把阿丈和美美以及奧加獸去一個安全的地方, 但木偶獸出現將他們引到紅鼻屎獸聚集的地方, 但被他們輕易破壞, 木偶獸大發雷霆, 將牠的城堡投到他們.而鋼鐵悟空獸則與黃金劍獅獸對戰, 海獅獸超進化成祖頓獸協助消滅鋼鐵悟空獸, 木偶獸想命令曾被牠的計劃認響的鋼鐵加魯魯獸攻擊被選中的小孩, 但反被鋼鐵加魯魯把木偶獸消滅. 獅子獸臨死前告訴美美牠將會於被損毀的幼年期村落重生, 阿丈,美美和奧加獸發誓要打敗黑暗首領並令那個村落復原.
第四十八集:
太一他們在沙漠的時侯,小光因支持不住而病倒, 太一非常悲傷,失落,其他人亦得知原來一年前因為太一的疏忽, 小光差點病死,比多獸帶領他們到沙漠綠州, 令小光休息.太一去找藥的時侯,光子郎發現是機械邪龍獸使用一些藥物, 光子郎把那些藥物去除,然後回到原來的地方, 突然機械邪龍獸出現,他們跑進一座建築物, 但機械邪龍獸竟從頂部攻擊他們.
第四十九集:
太一他們掉進機械邪龍獸城市的下水道,在失散途中, 阿空,比丘獸和巴達獸找到了小光,阿猛以及迪路獸, 另外太一,亞古獸,光子郎和甲蟲獸則失散到其它地方. 小光那一邊在尋找太一的同時,遇上了鋼鐵熊仔獸以及作奴隸的鼻涕獸, 突然小光的身體發光,令所有數碼精靈變得更強, 並打敗鋼鐵熊仔獸以及釋放鼻涕獸,她們打算跟凓小光的光, 去找回太一及光子郎. 而太一及光子郎則被機械邪龍獸襲擊, 最後他們都簕合起來,小光的光令戰鬥暴龍獸打敗機械邪龍獸.
第五十集:
太一他們遇上了女惡魔獸,為了安全起見, 太一獨自面對女惡魔獸, 而叫阿空和阿猛找回其他人. 另一方面, 阿丈和美美在幼年期村落找到了艾力獸, 希望牠一起參與. 就在這時,太一在戰鬥暴龍獸的協助下, 把女惡魔獸打敗,但小丑皇突然出現......
第五十一集:
阿丈和哥瑪獸找到大和曾經用過的船. 另一方面, 戰鬥暴龍獸在小丑獸下捱打, 太一並知道必須找回所有人才有機會打敗小丑皇. 大和在山洞裏認為自己沒有用,認為自己不應被選中, 加布獸告訴他現在所有人需要他,大和終於醒覺, 離開那個山洞,而阿空為避開黑霧而走入那個山洞, 反過來要大和,阿丈等人去找她, 大和告訴阿空那個山洞是阿空低沉的結果, 她必須振作起來才可離開,阿空振作之後那個山洞便消失, 他們立即趕到太一那裏去打敗小丑皇,大和感到他和太一是好朋友, 非常要好的朋友,這股力量令加布獸變得更強.
第五十二集:
小丑皇將所有人和數碼精靈變成鎖匙扣, 天使獸進化成神聖天使獸, 首先保護小光和阿猛,並將鎖匙扣變回人, 美美和跟隨她的數碼精靈打敗,將小丑皇打敗. 玄奈告訴他們面對的四大天王只是由他們真正的敵人構成的, 就在此時,整個世界發生地震.
第五十三集:
玄奈告訴他們真正的敵人構成的在防火牆構構成黑暗數碼精靈, 並告之如果越過防火牆會令數碼精靈世界倒塌, 預言說這個敵人會將現實世界變成黑暗, 當說到重要部份的時候通訊突然中斷, 突然千年獸出現將所有被打敗的黑暗數碼精靈消滅, 並破壞所有紋咭令所有數碼精靈不能進化, 並將他們以及數碼精靈送到資料的世界. 但他們互相的信任令紋咭還原,並準備與千年獸來場生死戰.
第五十四集(大結局):
亞寶加利獸開始牠的亡命攻擊,太一他們的力量令數碼佩章到最強的地部,
並打敗亞寶加利獸.玄奈告訴他們數碼精靈世界一切會由檔案島重新開始, 他們回到檔案島決定在那裏逗留至暑假完結,因為那裏的時間過得較慢,
但玄奈說由於打敗了亞寶加利獸,兩個世界的時間會變成一樣, 而且數碼精靈世界和現實世界的連接會中斷. 被選中的小孩和數碼精靈說了再見,而小光和阿猛不知為何覺得會再相遇, 太一說他永不會忘記數碼精靈,並知道總有一天會再次相遇.
完